В правовой позиции ФПА РФ по законопроекту высказывается опасение, что идея помещения экспертных подразделений в структуру СКР приведет к умалению основной гарантии – независимости экспертной деятельности. Отмечается, что п. 2 ч. 2 ст. 70 УПК РФ, запрещающий эксперту, зависимому от сторон или их представителей, принимать участие в производстве по уголовному делу, корреспондирует положению Федерального закона от 31 мая 2001 г. № 73-ФЗ «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации», согласно которому при производстве судебной экспертизы эксперт независим, он не может находиться в какой-либо зависимости от органа или лица, назначивших судебную экспертизу, сторон и других лиц, заинтересованных в исходе дела (ч. 1 ст. 7).
В связи с этим представляется, полагают в ФПА РФ, что законопроект повышает риски появления таких конкретных ситуаций, когда эксперт de jure будет зависим от руководителя подразделения СК РФ, а de facto – от следователя СК РФ, назначающего ему производство экспертизы. При этом обращается внимание на ошибочное мнение, что КС РФ признал соответствующим Конституции РФ толкование норм УПК РФ и указанного Федерального закона, допускающее отсутствие зависимости у ведомственного эксперта, проводящего экспертизу по требованию этого ведомства. Для стороны защиты гарантии независимости эксперта являются критически важными, поскольку возможности защиты по оспариванию заключения эксперта сильно ограничены. По указанным причинам законопроект, в котором умаляются гарантии объективности экспертного исследования, не может быть поддержан.